Ik gebruik Malwarebytes, momenteel de betaalde proefversie, maar daarin kan ik geen optie vinden om een externe schijf te controleren.
Gebeurt dit inmiddels automatisch? 

Johanna, jij stelt je vraag nu in het topic van iemand anders. Dat is eigenlijk niet de bedoeling. Een teamlid van PC Web Plus zal jou mogelijk een eigen topic geven.

En nu het antwoord op je vraag. Het is zeer eenvoudig om een externe harde schijf door Malwarebytes te laten controleren. Dat doe je het makkelijkst via de Verkenner.
Open de Verkenner.
Klik met de rechter muisknop op je externe harde schijf. Er opent dan een contextmenu.
In dat contextmenu klik je op Scannen met Malwarebytes.
In onderstaande afbeelding laat ik zien hoe ik een USB stick van 8 GB kan laten scannen door Malwarebytes. Maar met een externe harde schijf gaat dat precies hetzelfde:

Mijn excuses ! 
Ik reageerde in dit topic, omdat ik dacht dat het ook zinvol zou zijn voor anderen die met het gegeven advies niet verder kwamen.
Maar heel veel dank voor het antwoord. De oplossing kan heel simpel zijn als je het weet....

Ik had beter eerst even kunnen kijken waar ik mijn vraag in had geplaatst. Nu zie ik dat het in de verkeerde topic terecht is gekomen.
Dus alweer excuses....

@ Johanna,

Géén probleem, uw topic is verplaatst naar het sub forum Malwarebytes.

Dank !